Tres etapas concentran la dificultad de toda la serie, y cada una por un motivo distinto. La etapa 4 (Cercedilla-Segovia, 28,74 km) es la que más sube y más baja: 633 m de ascenso hasta el puerto de la Fuenfría y 837 m de descenso hasta Segovia, con el punto más alto de todo el Camino de Madrid. La etapa 5 (Segovia-Santa María la Real de Nieva, 32,39 km) es la más larga de las trece, y la etapa 8 (Alcazarén-Simancas, 30,87 km) es la segunda: ambas cruzan campo abierto de la meseta, sin apenas desnivel que las alivie pero también sin sombra que las refresque.
El resto de la meseta —de la etapa 6 a la 13— tiene un perfil casi plano, y hay que decirlo con precisión: no es que no haya desnivel, es que el terreno apenas ondula. La etapa 6, por ejemplo, desciende de forma continua desde los 901 m de Santa María la Real de Nieva hasta los 782 m de Coca sin que el track oficial registre una sola subida apreciable, y la 11 hace lo mismo en sentido inverso. Son además los archivos con menos puntos de toda la serie: la etapa 13 trae 78 y la 6 solo 85 para más de veinte kilómetros, frente a los 448 de la salida de Madrid. El perfil que se dibuja con ellos es una simplificación de la cartografía oficial, no un defecto del recorrido.
La disponibilidad de albergue no siempre coincide con la dureza de la etapa, y conviene saberlo antes de salir. En Santa María la Real de Nieva, cabecera de la etapa más larga, el albergue de peregrinos Fuensanta figura cerrado en la ficha de la FEAACS: solo quedan hostales privados. En Simancas, final de la segunda etapa más larga, no hay ningún albergue de peregrinos; el más cercano está seis kilómetros antes, en Puente Duero. En cambio, Santervás de Campos —final de la etapa 12, una de las más suaves— tiene el propio albergue de donativo que gestiona la Asociación de Amigos de los Caminos de Santiago de Madrid, y Coca, Alcazarén, Peñaflor de Hornija y Cuenca de Campos cuentan con albergue municipal.